Le microbiote : une révolution dans la médecine

Le microbiote : une révolution dans la médecine

conférence du 30 janvier 2020

présentée par Geneviève Héry-Arnaul, bactériologiste CHU de Brest

“Toute maladie commence dans l’intestin” – Hippocrate

« La technologie modifie les prospectives scientifiques alors que l’observation induit des évolutions scientifiques. » Karl Popper 2002

Le microbiote correspond à l’ensemble des micro-organismes peuplant un microbiome. Le microbiote humain comprend les bactéries, virus, champignons (levures), archées et autres micro-organismes, présents sur ou dans le corps humain

I MEDECINE ET AVANCEES TECHNOLOGIQUES

A) études des microbes et microscopes

Inventé au 17ème siècle, le microscope a permis les travaux sur les bactéries pathogènes (choléra, tuberculose) de Pasteur, pionnier de la microbiologie et de Koch, l’un des fondateurs de la bactériologie au 19 ème siècle

B) microbiote et séquençage haut débit NGS (« stéthoscope moléculaire») : changement de paradigme

D’abord appliquée au séquençage de l’ADN du génome humain, cette technique a permis à partir de 2008 de découvrir la richesse et la biodiversité microbienne : le coût et la durée du séquençage ayant fortement chuté en 20 ans (13 ans pour 1 jour, 3 mds de $ pour 1000 $ )

En 2019, 11 000 publications scientifiques (Nature…) traitent de ce sujet . Les media ne sont pas en reste.

– les projets de recherches

.Le projet microbiote humain US Human Microbiome Project (HMP) .Lancé en 2008, durée cinq ans,  budget total de $115 millions.

.Metagenomics of the Human Intestinal Tract (MetaHIT) européen initié en 2008.

Objectif de ces recherches : comprendre les liens entre les déséquilibres du microbiote et certaines pathologies.

II VERS UNE AUTRE APPROCHE DE L’ETRE HUMAIN

L’homo sapiens serait une espèce hybride formée de :

– cellules humaines  (une donnée)

– microbiote (s) : bactéries, virus, archées, levure, protozoaires (une variable)

Caractéristiques du microbiote :

. le génome humain compte quelques 23 000 gènes, le génome du microbiote intestinal en compte 10 millions

. le microbiote d’un être humain est unique et chaque individu est identifiable par son microbiote

. un microbiote ou des microbiotes

le microbiote abrite des écosystèmes ayant chacun sa spécialisation : microbiote intestinal, microbiote cutané, microbiote bronco-pulmonaire, microbiote vaginal, microbiote buccal, microbiote nasopharyngé

.le microbiote d’un individu se constitue dès sa naissance, au contact de la flore vaginale après un accouchement en voie basse. La colonisation bactérienne a lieu de façon progressive. Sous l’influence de la diversification alimentaire, de la génétique, du niveau d’hygiène, des traitements médicaux et de l’environnement, la composition du microbiote évolue qualitativement et quantitativement au cours des toutes premières années pour se stabiliser par la suite et se dégrader à partir des 75 ans.

. bonne ou mauvaise santé : un microbiote diversifié caractérise un état de bonne santé ; une dysbiose est associée systématiquement à un mauvais état de santé

III QUELQUES MICROBIOTES

a) Microbiote intestinal

D’une surface de 160 m2 environ, 100 000 milliards de bactéries(pour 1 millier de gènes) pour un poids de 1 à 2kg colonisent le tube digestif.

Le microbiote intestinal assure son propre métabolisme, ses micro-organismes jouent un rôle direct dans la digestion et il participe pleinement au fonctionnement du système immunitaire intestinal.

Aussi, l’étude du microbiote intestinal et son dysfonctionnement éventuel (1er étudié) est devenue centrale pour la recherche en santé : maladie de Crohn, diabète, obésité, Parkinson, autisme, schizophrénie, dépression, cancer

En cas de dysbioses, quelques moyens thérapeutiques

  • une alimentation favorisant le développement de bactéries bénéfiques pour le système digestif (Western diet à proscrire)
  • apport par voie orale de probiotiques, de prébiotiques
  • la transplantation fécale

b) Microbiote cutané

En fonction de la zone, grande variabilité du microbiote , la peau représentant une surface de 2 m2 environ à l’âge adulte. Elle fait fonction de brigade de surface. (déficience :Cancer de la peau…)

  1. Microbiote bronco-pulmonaire

Un poumon sain contrairement à un ancien dogme enseigné en fac de médecine contient des bactéries anaérobies.

Un dysbiose à ce niveau correspond à une pathologie inflammatoire. Pistes de recherches notamment pour l’asthme, la mucoviscidose…

L’unité de recherche de Brest s’est spécialisée dans ce domaine.L’intervenante dirige actuellement le groupe « Microbiota » au sein de l’unité INSERM UMR1078 à Brest. Ses activités de recherche portent sur l’écosystème respiratoire dans le cadre des infections bactériennes et virales en pathologies chroniques (mucoviscidose, BPCO) et aiguës (PAVM).

Son objectif est triple :

-décrypter la maturation du microbiote broncho-pulmonaire (en lien avec le microbiote digestif),

-comprendre ses fonctions,

-et identifier de nouvelles pistes thérapeutiques ou diagnostiques basées sur le microbiote broncho-pulmonaire.

Beaucoup de choses ont été découvertes sur le microbiote humain depuis 2008. La médecine ne peut les ignorer tant les preuves d’un impact majeur de cette partie de la vie de notre organisme sur la santé s’accumulent. Il faut s’attendre dans les années à venir à un changement majeur de perspective dans les thérapies, dans les diagnostics et dans la prévention. 

Pour une version intégrale de la conférence : www.sante-brest.net/article992

………………………

Réf JYCREIG20o130Microbiote

  Geneviève Héry-Arnaud est :

Professeur des Universités,

-enseignant-chercheur en bactériologie à la Faculté de Médecine de Brest

-et praticien hospitalier au CHRU de Brest

Formation

– Pharmacie (Université Rennes 1),

-un internat en biologie médicale (région HUGO),

-un Master en Ecologie Microbienne (Université Lyon 1)

-un doctorat en Sciences de la Vie et de la Santé (Université F. Rabelais, Tours), 

-post-doctorat à l’Institut Micalis de l’INRA de Jouy-en-Josas (AgroParisTech).

Geneviève Héry-Arnaud dirige actuellement le groupe « Microbiota » au sein de l’unité INSERM UMR1078 à Brest. Ses activités de recherche portent sur l’écosystème respiratoire dans le cadre des infections bactériennes et virales en pathologies chroniques (mucoviscidose, BPCO) et aiguës (PAVM).
Son objectif est triple :

-décrypter la maturation du microbiote broncho-pulmonaire (en lien avec le microbiote digestif),

-comprendre ses fonctions,

-et identifier de nouvelles pistes thérapeutiques ou diagnostiques basées sur le microbiote broncho pulmonaire.

( La Revue des Microbiotes )

 

One thought to “Le microbiote : une révolution dans la médecine”

  1. Excellente conférence sur le microbiote! Un grand merci à Mme Héry pour la clarté de son exposé et sa bonne volonté face aux nombreuses questions posées…

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